По мнению орнитолога Павла Смирнова, работающего в Зоологическом музее МГУ, климатические изменения могут повлечь за собой вымирание ряда видов пингвинов. При этом больше всех рискуют птицы, обитающие на островах. Как сообщил ученый, на территории небольших островов у Антарктиды проживают популяции узкоареальных видов, которые и являются наиболее уязвимыми в условиях потепления и сокращения кормовой базы. Среди них особенно рискует род Pygoscelis. Этих птиц пока еще можно повстречать в Антарктиде, на Фолклендах, Кергелене, островах в Южном океане.
Также вымирание грозит роду Spheniscus, обитающему у южных берегов Южной Америки, Африки и Галапагосах.
Истории известен только один эпизод, когда вид пингвинов вымер из-за человека и завезенных им млекопитающих. Это произошло в интервале 15–17 веков на островах Чатем в Новой Зеландии. Колонизировавшие эти территории полинезийцы довели до гибели всю популяцию чатемских хохлатых пингвинов.
Данные научных экспедиций прошлого года говорят, что количество пингвинов на территории Пингвиньего острова в Антарктике сократилось за последние четыре десятилетия на 75 %. Одна из основных причин — исчезновение криля, которым питаются эти птицы.